Le preferenze Fastcat sono raggiungibili dal menù Fastcat\Preferenze. La configurazione delle preferenze è legata direttamente al software e non ai singoli progetti.
Nel pannello Generale si può scegliere la lingua e impostare la visualizzazione di messaggi di aiuto o mantenere sempre aperto il pannello anteprima immagini.
Il pannello colori permette di personalizzare i colori di sfondo dei font e delle celle, della colonna del codice univoco e della colonna raggruppamento, per semplificare la lettura del database in fase di lavorazione.